2013年，为庆祝百年校庆，对民族魂纪念馆进行了改造升级。老纪念馆在80年校庆时已启用，几经易置。最终自筹资金在靠近校门口处建成新馆，占地面积360M2，共分为烽火初燃、铁山烽火、烽火燎原、彪炳青史、红韵流长、桃李中华、复兴之路、幸福发展八大部分，展出了珍贵照片2万余幅，1913年建校之初校门口的石狮子、0弹药、“辽宁舰”模型、三军仪仗队指挥刀、铁山石、1937年的日本报纸等实物80余件，以现代化的手段真实反映了百年长中所走过的非凡历程。其中的石狮子、日本报纸已被确定为省级文物。在纪念馆两侧，建成校庆标志性建筑——竹简石刻《长山中学赋》以及防腐木艺术画廊，构成了“一馆一建筑一画廊”文化群。民族魂纪念馆将长山中学红色革命历史和浓厚文化底蕴展现在世人面前，成为全社会宝贵的精神财富和高规格的教育阵地。学校将依托百年名校特色和优势，不断优化人文环境、提高育人品位，每年都组织学生参观民族魂纪念馆和馆中“六宝”：民国石狮子、抗战时期的报纸、三军仪仗队指挥刀、辽宁舰模型、“玉兔号”月球车模型、世界上最大的蝴蝶标本。民族魂纪念馆被省政府确定为山东省国防教育基地。民族魂纪念馆作为市级反腐倡廉警示教育基地、省级国防教育基地、省级关心下一代教育基地功能得到充分发挥。2015年又被确定为省级党史教育基地、省级爱国主义教育基地。